1、创建实例

* 首先点击“基础镜像”然后选择 “LAMMPS”。

* 选择合适的 GPU 资源，点击 【立即创建】，等待完成。

* 上传或者创建需要运行的文件
在[项目实例]页面中，在刚刚创建的 LAMMPS 镜像实例上，点击【文件管理】

* 打开文件管理界面后，将输入脚本文件（如 input_script.in）上传到工作目录。
* 如果文件较大，可以使用外部工具（如 scp 或 Xshell）上传。

示例上传界面：

* 确认路径 ：将文件存储在 /（根目录）下或指定的工作路径中，便于后续调用。

2、运行 LAMMPS

打开终端

点击 “WebShell” 打开实例的终端窗口：

在终端中，切换到工作目录（如 /）：

``bash
cd /
`

运行测试

使用以下命令运行 LAMMPS：

`bash
mpirun --allow-run-as-root -np 4 ~/lammps/bin/lmp -sf gpu -in input_script.in
`

参数解析 ：

* mpirun --allow-run-as-root：运行 MPI 并行程序，允许以 root 身份执行。
* -np 4：使用 4 个 MPI 进程进行并行计算。
* -sf gpu：启用 GPU 加速模式。
* -in input_script.in：指定输入文件路径。

运行结果会保存到指定日志文件或直接输出在终端中。

实时监控

通过 nvidia-smi 命令监控 GPU 使用情况：

`bash
watch nvidia-smi
`

示例监控界面：

---

3、参数调整与优化

在配置文件中调整参数，可以根据任务需求优化性能。以下是一些常用设置示例：

1. 多 GPU 支持 ：
如果实例支持多张 GPU，可以通过设置环境变量分配特定设备(下面为两张GPU)：

`bash
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1
`
如果是多张GPU，就在后面加序号即可，如8张：
`
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2,3,4,5,6,7
`

1. 扩展输入脚本 ：
修改输入脚本 input_script.in，例如调整模拟规模或运行步数：

`plaintext
run 2000000
`

1. 调整进程数 ：
根据 GPU 和 CPU 资源，调整 -np 参数(GPU数量的倍数，比如3个GPU:可以为3，6，9...)。例如：

`bash
mpirun -np 8 ~/lammps/bin/lmp -sf gpu -in input_script.in
``

---

4、可视化分析

LAMMPS 的计算结果可通过以下工具进行可视化：

1. VMD ：适用于分子模拟轨迹的显示与分析。
2. ParaView ：用于粒子模拟和材料学领域的数据可视化。

---

通过上述方法，可以高效地在算家云平台上使用 LAMMPS 完成分子动力学模拟。

需要帮助时，欢迎查看 LAMMPS 官方文档。