安装

安装基础编译环境

- CUDA 环境：GPU支持
- 还需要安装：bc, mpi

``
apt-get update && apt-get install -y bc
apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev
`
- Lammps 下载与解压，可以选择安装基础版的lammps：

`
wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz
tar -xzvf lammps-stable.tar.gz -C .
cd lammps-29Aug2024
mkdir -p build
cd build
cmake ../cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/ -DPKG_REAXFF=yes
make
sudo make install
`

修改配置文件 Makefil.linux

`
cd /lammps-29Aug2024/lib/gpu
vim Makefil.linux
`

- 修改以下内容：

`
CUDA_HOME =/usr/local/cuda #cuda安装地址
CUDA_ARCH = -arch=sm_89 #英伟达卡的计算性能指标
`

- arch=sm_89数字替换成你的显卡的算力值（89=8.9*10）
- 算力查询地址

编译Makefile.linux

`
make -f Makefile.linux -j16
`

安装各种包；

注意：KOKKOS覆盖了GPU包，因此安装KOKKOS就不能安装GPU包了

`
cd ../../src
make yes-manybody
make yes-meam
make yes-kokkos

make package-update # 更新安装的包，可能包之间依赖关系
make package-installed # 查看安装的包
`

修改Makefile.kokkos_cuda_mpi 文件

`
vim MAKE/OPTIONS/Makefile.kokkos_cuda_mpi
`

- 修改内容如下：

`
KOKKOS_ARCH = ADA89
KOKKOS_CUDA_OPTOPNS = "enable_lambda"
`

- KOKKOS_ARCH = ADA89，通过3.1.7. Packages with extra build options — LAMMPS documentation查看显卡的架构，进行对应修改

编译与添加到环境变量

`
make kokkos_cuda_mpi -j16

echo 'PATH=/root/lammps/src/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
`

使用

`
mpirun --allow-run-as-root -np 1 lmp_kokkos_cuda_mpi -k on g 1 -sf kk -in test.in
`

- 后端运行

`
nohup mpirun --allow-run-as-root -np 8 lmp_kokkos_cuda_mpi -k on g 1 -sf kk -in test.in &
``